Al paso de los años en el Manicomio General se crea la necesidad de dar al niño con trastornos mentales una atención diferente a la del adulto; es entonces cuando un grupo de médicos encabezados por la Dra. Mathilde Rodríguez Cabo, dan inicio a la lucha por la reforma integral del nosocomio, creando un pabellón exclusivamente para niños. Al cierre de "La Castañeda", se separan adultos y niños, construyéndose entonces el Hospital Psiquiátrico Infantil "Dr. Juan N. Navarro" que fue construido en la zona de Tlalpan en un edificio horizontal y fue el primero en inaugurarse, ya que los niños desnutridos y abandonados del Manicomio General eran, sin duda, una prioridad. Su primer director fue el doctor Jorge Velasco Alzaga, distinguido paidopsiquiatra con grandes conocimientos en salud pública. 

El Hospital Psiquiátrico Infantil "Dr. Juan N. Navarro", único en su género, fue inaugurado el 24 de octubre de 1966. Otorga desde entonces atención primaria (promoción de salud mental e identificación temprana), secundaria (diagnóstico oportuno y tratamiento) y terciaria (rehabilitación), la cual se proporciona de forma continua e integral. 

En su inicio tenía una capacidad de 220 camas.

El hospital fue diseñado con un área de consulta externa y un área de hospitalización.

El área de hospitalización contó en un inicio con cuatro pabellones:

* Pabellón A: Que atendía a mujeres con padecimientos mentales crónicos.
* Pabellón B: Que atendía a varones con padecimientos psiquiátricos crónicos.
* Pabellón C: Que atendía a varonescon trastornos mentales agudos.
* Pabellón D: Que atendía a mujeres con trastornos mentales agudos

El pabellón A cambió a Hospital de día y las pacientes con trastornos crónicos fueron trasladadas al pabellón D, junto con las pacientes con padecimientos agudos.

Los pacientes crónicos del pabellón B fueron trasladados en su mayoría a un hospital granja y a un orfanato.

En 1990 aproximadamente, separan a las adolescentes con trastornos mentales agudos, quedando en el pabellón D, conocido ahora como la unidad de adolescentes mujeres.

Reúnen a las pacientes mujeres y varones con padecimientos crónicos en lo que ahora se conoce como la unidad de cuidados prolongados.

El pabellón C continúa atendiendo a varones con trastornos mentales agudos y a partir de la creación de PAIDEIA, en el año de 1994, se amplió su planta física para operar un programa de atención médica integral para adolescentes con trastornos provocados por el uso de substancias adictivas, el cual opera hasta la fecha; quedando la unidad de adolescentes varones y PAIDEIA separados físicamente en dos edificios distintos.

Funcionando la unidad de adolescentes varones como tal a partir de 1992, para la atención de pacientes  de sexo masculino menores de 18 años.

En cuanto al área de consulta externa se inició con una consulta general, sin embargo al pasar el tiempo se vio la necesidad de integrar clínicas para trastornos específicos en base a la población que demandaba atención con un alto grado de subespecialización.