Este Hospital, fue creado bajo el proyecto "Operación Castañeda", el cual se desarrollo por la entonces Secretaría de Salubridad y asistencia durante el periodo 1966 a 1967. 

La fecha de inauguración del Hospital Psiquiátrico "Fray Bernardino Álvarez", fue el 9 de mayo de 1967 y su objetivo fue el de brindar atención médica hospitalaria a la población de ambos sexos adulta con trastornos mentales agudos, contando para ello con recursos de diagnóstico y tratamiento modernos para la época. Además de ser la sede para el adiestramiento de personal médico en psiquiatría.

El inmueble consta de 10 pisos y una superficie construida de 20,000 metros cuadrados en donde se disponía de 600 camas.

Administrativamente desde su inicio y hasta 1983 el Hospital dependió de la Dirección General de Salud Mental de la Secretaria de Salubridad y Asistencia, año en el cual es transferida la responsabilidad administrativa a la Dirección General de los Servicios de Salud Pública en el Distrito Federal, del año 1992 a 1995 dependió de la  entonces Coordinación de Hospitales, en 1997 se transfiere la dependencia a la recien creada Coordinación de Salud Mental.

En el año de 1992 inicio la ampliación y remodelación del Hospital constituyéndose una unidad para modernizar las instalaciones de los servicios ambulatorios. A partir de 1995 se estableció su capacidad operativa con 300 camas censables.